Ukoliko je biljka izložena uslovima biljnog stresa (nedostacima hranjiva, manjku vode, nedovoljnoj količin svjetlosti i sl.), to je pogodno tlo i za razvoj patogenih bolesti. Patogene bolesti biljaka su uzrokovane gljivicama, bakterijama, virusima. Također, tu su i biljne štetočine, odnosno insekti.
Najbolji način borbe patogenih bolesti je prevencija, tj., poznavanje zahtjeva biljne vrste koju želimo uzgojiti. Ukoliko biljka raste u optimalnim uslovima svjetlosti, vlage, topline, mineralnih materija itd., vjerovatnoća pojave bolesti je smanjena. Također, veliki broj gljivičnih oboljenja biljaka potiče iz zemljišta. Kod urbanog vrtlarenja, odnosno uzgoja hrane u saksijama, sterilizaciju zemlje na visokim temperaturama moguće je izvesti u kućnim uslovima, odnosno u rerni za pečenje.